¿Es el mundo lo que parece? Thomas Anderson (Keanu Reeves), programador de una importante empresa de software y asaltador informático de alias Neo, averiguará que no. Con él contactará un extraño grupo encabezado por Morfeo (Lawrence Fishburne), quien le mostrará la verdadera realidad que se esconde tras lo aparente: un mundo dominado por las máquinas, las cuales esclavizan a la Humanidad para utilizar nuestros cuerpos como simple fuente de energía. ¿Pero, y nuestra mente, dónde se encuentra entonces? la respuesta está en Matrix.
Neo, Morpheus, Trinity y el resto de la tripulación continúan en la lucha contra las máquinas que han esclavizado a la raza humana. Ahora más humanos han sido despertados e intentan vivir en el mundo real. A medida que aumentan en número, la batalla se acerca a Sion, la última ciudad real en el mundo y centro de la resistencia humana. Y tiene poco tiempo, muy poco tiempo…
En la brillante conclusión de The Matrix Reloaded, Neo (KeanuReeves) tomó otro paso hacia delante en su búsqueda de la verdad que comenzó con su jornada en el mundo real en The Matrix pero esa transformación lo ha dejado drenado de su poder, a la deriva en una»tierra de nadie» entre el Matrix y el Mundo de las Máquinas. Mientras que Trinity (Carrie-Ann Moss) guarda vigilia sobre el cuerpo comatoso de Neo, Morpheus (Laurence Fishburne) maneja el ataque que sufre por la relvelación de que aquél en el que ha invertido toda su fe es meramente otro sistema de control inventado por los arquitectos del Matrix.
En The Matrix Revolutions, el explosivo capítulo final de la trilogía de Matrix, la guerra épica entre el hombre y las máquinas alcanza un masivo crescendo: la milicia de Sión, asistida por valientes voluntarios civiles como Zee (Nona Gaye) y el Chico (Clayton Watson),desesperadamente combate para evitar la invasión del Sentinela, mientras que un ejército de Máquinas penetraba en su fortaleza.Enfrentando la anhiquilación total, los ciudadanos del último bastión de humanidad luchan no solo por sus vidas, sino por el futuro de la humanidad misma.